Webcast: PreParsing Blast Xml using C#

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viernes, septiembre 14 2007 @ 04:46 CEST
Autor: jacob
Lecturas 1,876

añadí otro screencast que muestra como editar un archivo Xml al vuelo y cambiar algunos o todos los valores de los nodos que se especifiquen de acuerdo a un valor XPath.

....claro usando CSharp y Monodevelop

enlace aqui

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Webcast: PreParsing Blast Xml using C#

Escrito por: linxe sobre viernes, septiembre 14 2007 @ 05:50 CEST

Que tal Jacob, muy interesante como se hace el parseo de XML en C#, pero tengo algunas dudas:

1. Por que cuando se escribe la salida se pierde el formato del archivo, no implementa alguna funcion C# para tener texto incidentado automaticamente?

2. No hay problemas de carga cuando le mandas un XML muy grande? A mi en Perl a veces me pasa uso Perl::XML

3. Has podido generar salidas de Blast con mas de 30 000 iteraciones? Me parece que Blast no puede hacerlo, o es la version que estoy usando?

4. Voy a cobrar regalias por usar mi nombre en tus WebCast a menos que sea GPL el codigo.

Saludos

Linxe

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-= Linxe =-

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-= Linxe =-

Webcast: PreParsing Blast Xml using C#

Escrito por: jacob sobre viernes, septiembre 14 2007 @ 01:18 CEST

1. Porque es mejor asi. de esta forma el tiempo empleado en parsear el archivo es menor ya que el objeto(XmlTextReader) que lee secuencialmente el archivo no lee elementos de espacio significativo fuera de los elementos contenidos dentro de los tags o nodos y ademas desactive que dejara el formato original mediante una propiedad de ese objeto porque necesito el archivo xml sin espacios y de esta forma reducir el tiempo empleado en procesarlo una vez que le he hecho cambios con el preparser.

La siguiente propiedad permite lo que te comento:

docXml.PreserveWhitespace = true;// true or false

a final de cuentas lo que nos interesa son los valores texto de los elementos, los espacios que se vayan a volar, nos entorpece mas el parseo ya que por mas que uses malabares de programacion es mejor no tener espacios en blanco ya que para leer el siguiente nodo a huevo lee un espacio en blanco y aunque omitas que tome en cuenta el espacio se pierde milesimas de segundo y si a eso le agregamos muchisisismos nodos pues hay que determinar un porcentaje del tiempo que emplea o pierde en leer o omitir el espacio en cada ciclo. los espacios que hay en los textos dentro de los elementos se dejan tal cual. por ejemplo:

<hsps>este espacio en blanco se quita
<hseq>atgtgatagatgatgat tagtata</hseq>este espacio de aqui se quita
el espacio en el nodo hseq se deja tal cual.

2. Pues he probado con 4289 iteraciones que corresponde a un archivo XML de 146 MB, pero si tienes razon dejame hago la prueba para ver que resultados arroja con mas 30 000 iteraciones y posteo el resultado.

3. Estoy probando eso que me comentas, lo de las iteraciones depende si hay hit y por consecuencia hsps'es. de igual forma posteo el resultado.

4. me parece muy bien don juan caballero de la sancha y sancha.

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M.A.M.E DEV

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M.A.M.E DEV

Webcast: PreParsing Blast Xml using C#

Escrito por: jacob sobre lunes, septiembre 17 2007 @ 10:42 CEST

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M.A.M.E DEV

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M.A.M.E DEV

Webcast: PreParsing Blast Xml using C#

Escrito por: markuz sobre lunes, septiembre 17 2007 @ 01:24 CEST

Por que no usas istanbul [http://live.gnome.org/Istanbul] para hacer un video de tu escritorio, sirve que en lugar de ver que haces, tambien escuchamos la explicacion :-).

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M.A.M.E DEV

Webcast: PreParsing Blast Xml using C#

Escrito por: jacob sobre lunes, septiembre 17 2007 @ 04:31 CEST

ahhh perfecto no sabía sobre el proyecto istanbul, tienes razón lo voy a probar y posteo resultados, gracias markuz :)

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M.A.M.E DEV

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